文件鉴定意见程序通常包括以下几个步骤：
当事人申请鉴定
当事人应当在举证期限内向法院或司法鉴定机构提出鉴定申请，并预交鉴定费用及提供相关材料。
法院同意与鉴定机构选择
法院同意后，双方当事人可以协商确定具有鉴定资格的鉴定机构和鉴定人员；协商不成时，由法院指定。
鉴定材料审查与受理
司法鉴定机构对委托事项进行审查，确认材料真实、完整、充分后予以受理；否则，可要求补充材料或不予受理并说明理由。
鉴定实施
指定具有相应执业资格的司法鉴定人进行鉴定，遵循专业技术标准和规范，对鉴定过程实时记录，必要时可向外部专家咨询。
鉴定意见书的制作与签名
司法鉴定机构和鉴定人按照统一规定的文本格式制作司法鉴定意见书，并由鉴定人签名。多人参加的鉴定，对鉴定意见有不同意见的，应当注明。
意见书出具与盖章
司法鉴定意见书应当加盖司法鉴定机构的司法鉴定专用章。
重新鉴定
当事人对鉴定结论有异议的，可以申请重新鉴定。
这些步骤确保了文件鉴定意见的合法性、科学性和公正性，为司法实践提供了坚实的科学依据。