认定文件无效的程序主要涉及以下步骤：
无效程序的启动
无效程序可以在国务院专利行政部门授予专利权后的任何时间启动，并可以一直持续到该专利权终止后。
无效宣告请求的审查
专利复审委员会在形式审查合格后受理无效宣告请求，并成立合议组对案件进行合议审查。
无效宣告请求审查决定的作出
合议组经审查后作出三类无效宣告请求审查决定：宣告专利权全部无效、宣告专利权部分无效、维持专利权有效。
后续的司法救济程序
权利人对专利复审委员会的决定不服的，可以在收到通知之日起3个月内以专利复审委员会为被告向人民法院提起诉讼。
针对合同的无效确认程序
法律行动
当事人可以向法院起诉或向仲裁机构申请仲裁，请求确认合同无效。法院或仲裁机构会审查合同的主体资格、行为人与相对人是否存在恶意串通、合同内容是否违法或违背公序良俗等。
法院审理程序
起诉方向法院提交起诉状，明确请求确认合同无效的理由。法院审查后决定是否立案，立案后进行开庭审理。庭审过程中包括质证、举证、法庭辩论、合议庭评议和宣判等步骤。
建议
收集证据：在提起无效确认程序前，当事人应充分收集相关证据，以支持其主张。
选择适当的程序：根据具体情况选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
咨询专业律师：在处理复杂的法律问题时，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到充分保障。
以上信息提供了关于认定文件无效的程序和步骤的详细说明，希望对您有所帮助。