程序公正与实体公正的关系是相互依存、相互补充的。程序公正是指国家司法机关工作人员按照法律规定的程序性事项进行司法活动，追求的是过程的公正。它要求诉讼活动公开、平等、中立、及时和严明，确保当事人的诉讼权利得到保障，并且诉讼过程透明可预见。
实体公正则是指通过刑事诉讼过程而实现的结果上的实体公正和结果正义，即案件处理的结果必须符合正义的要求，认定的事实必须是已经被证明的，作为裁判的依据。
简而言之，程序公正是确保法律正确实施的过程，而实体公正是法律实施的结果。两者共同构成了司法公正的完整内涵，缺一不可。在司法实践中，应当同时注重程序公正和实体公正，以确保司法活动的正当性和合法性。当程序公正与实体公正发生冲突时，应当以程序公正优先，因为公正的法治秩序是正义的基本要求，而法治取决于一定形式的正当过程，正当过程主要通过程序来体现。