污染案件办理程序通常包括以下几个阶段：
接洽和立案阶段
污染行为被举报或投诉后，相关单位会进行初步核实检验。
如果核实情况符合立案条件，将启动法律程序进行立案登记。
调查取证阶段
执法机关将实施深入的调查取证行动，获取与案件相关的关键性证据材料，例如污染物样本、事故发生工厂的生产操作记录等。
案件审核阶段
各参与单位对收集到的证据资料进行全面整理和细致分析，确认与确定罪行有关的事实真相及具体责任方。
审查起诉阶段
检察机关对案件进行审查，确认证据是否充实且犯罪事实是否清晰明确。
如确认犯罪事实成立，检察机关将向法院提出诉讼请求。
审判阶段
法院依据相关法律规定展开审判工作，并最终根据庭审结果作出公正合理的判罚决定。
执行阶段
如果判决生效后，被告方不履行判决，起诉方可以申请强制执行。
在整个处理过程中，当事人应保留相关证据，通过协商、投诉、诉讼等途径依法维护自己的合法权益。同时，执法机关和检察机关应严格依法行事，确保程序的合法性和公正性。