专题调查程序通常包括以下几个阶段：
制定方案阶段
确定调研的题目、内容、调研地点、具体日程安排以及参加调研的人员范围。
调研点要注意代表性和典型性，确保能够反映客观、真实的情况。
征求对方案的意见，与代表、政府有关厅局、相关市、县多次沟通协调，使调研方案切实可行。
学习阶段
组织代表有针对性地学习有关法律、法规和政策，明确调研方法、步骤以及需要重点解决的问题。
为代表汇编专题参阅材料，提供有关数据，并提供参考信息，使代表对相关专题有全面了解。
实施阶段
组织代表开展调研活动，认真做好后勤服务工作，保障调研活动顺利开展。
安排参加调研的代表人数不宜过多，注意轻车简从，深入基层，关注民意，广集民智。
代表在调研过程中可以提出建议、批评和意见，但不直接处理问题。
整理分析调查资料阶段
对搜集的调查资料归类整理，进行系统的综合分析，去伪存真，去粗取精。
撰写调查报告阶段
根据搜集、归类、整理、分析的资料写出书面报告。
此外，专题调查的方法通常包括重点调查和典型调查：
重点调查：在调查总体中选择部分重点单位或重点项目进行调查，以掌握较大份量的数据和资料，进行分析，预测其发展趋势。
典型调查：根据调查的目的和要求，在调查对象中经过分析研究，选出个别或少数具有代表性的企业或产品进行调查。
这些步骤和方法共同构成了专题调查的完整程序，确保调查的科学性、系统性和有效性。