替代程序是指当原定的审计程序无法执行或者已实施的审计程序无法实现既定的审计目标时，注册会计师为了实现同一审计目标，必须执行的其他程序。替代程序改变了计划程序的性质，通常是在所涉及的发现错报超过注册会计师认可的程度时，例如汇总错报超过报表层重要性水平，或者涉及的舞弊、违反法规行为异常重大，此时注册会计师会扩大审计范围，以降低整体审计风险至可接受的水平。
常见的替代程序包括但不限于：
检查原始凭证：
如存货的收发凭单等，以验证存货的存在和数量。
检查合同和记录：
如与业务有关的合同、内部审批记录、运输物流单据、收发货记录单据、对方签收单据、发票、收付款银行单据等。
电话询问和录音：
通过电话向对方询问并录音作为证据，需要标明询问者身份和确认被询问者身份。
实地走访：
对于金额巨大或重要的交易，可以采用实地走访的方式以获取更直接的证据。
再次发函：
如果初次函证未得到回复，可以再次发函以获取所需的证据。
详细实质性测试：
如变量抽样测试发现推断的总体误差过大时，注册会计师可能执行更为详细的实质性测试程序。
替代程序的使用是为了确保审计目标的实现，并在一定程度上弥补原计划程序无效带来的缺陷。通过执行替代程序，注册会计师能够获取足够的证据来支持其对财务报表的意见和结论。