手机刷机程序的原理是通过技术手段将手机原有的操作系统替换成其他的操作系统或者刷入自定义的ROM，从而改变手机的性能、功能、界面等方面。这个过程需要使用特定的软件和固件，对手机进行解锁、刷入、烧录等操作，同时也需要一定的技术知识和经验。刷机的原理是利用手机的底层硬件和固件来实现系统的替换和更新，从而提升手机的性能和功能。但是刷机也存在一定的风险，如可能导致手机变砖或者失去保修等问题，因此需要谨慎操作。