主任科员降级程序如下：
提出降职建议
所在单位认为公务员符合降职条件时，应提出降职建议和安排意见。这些意见主要包括降职理由、被降职公务员的主要情况、降职后的安排使用或打算等，并将降职意见上报主管部门审核。
审核降职事由并听取拟降职人的意见
人事部门对降职事由和降职安排意见进行审核后，应与拟降职公务员谈话并征询其对降职后安排的意见。这一过程旨在尊重和保障公务员的权利，但降职决定仍然是有关机关单方面的人事行政行为。
集体讨论决定
根据公务员所在单位的意见和公务员本人的意见等材料，经领导集体研究后作出降职决定。这一环节确保降职决策的科学性和公正性。
办理降职手续
由任免机关依法免去被降职公务员现任职务，并任命低一级的职务。这一环节完成降职的具体行政程序。
降职后的级别调整
公务员被降职后，其级别超过新任职务对应的最高级别的，应当同时降至新任职务对应的最高级别。
申诉权利
公务员如对降职不服，可以在接到降职决定的一个月内向任免机关提出复议要求，并有权向上级主管机关申诉。
这些程序确保了公务员降职过程的规范性和公正性，保障了公务员的合法权益。