程序文件是指计算机程序的文件，通常包含程序的指令、数据和其他必要信息，可以被计算机系统读取和执行。程序文件可以用不同的编程语言编写，如C、C++、Java等，并且可以以源代码文件（如.asp、.c等）或可执行文件（如.exe、.ps等）的形式存在。
而软件是一个更广泛的概念，它包括一系列按照特定顺序组织的计算机数据和指令的集合。软件不仅包括可以在计算机上运行的电脑程序，还包括与这些电脑程序相关的文档。软件通常被划分为系统软件、应用软件和介于这两者之间的中间件。系统软件是计算机的基本软件，负责管理计算机的硬件和应用程序，如操作系统、设备驱动程序等。应用软件则是专门设计用于执行特定任务或提供特定服务的程序，如办公软件、图像处理软件等。中间件则是一种软件，用于连接不同的软件系统或应用程序。
因此， 程序文件不包括操作系统。操作系统是一种系统软件，它管理计算机的硬件和软件资源，为其他软件提供运行环境。而程序文件只是软件的一个组成部分，是构成软件的一个元素，但不等同于整个软件系统。