程序教学法在20世纪60年代后期开始衰退，主要原因可以归纳为以下几点：
学生差异大，难以保证教学有效性和学生兴趣的持久保持
班级授课制面对的是差异非常大的普通学生，一个教学内容要让所有的学生达到一个基本的标准，凭借教师在教法上的技巧，难以保证教学的有效性和学生兴趣持久的保持。
缺乏趣味性和互动性
学生反映程序教材缺乏趣味，教师对新的要求难以适应。程序教学法需要学生具备一定的自学能力和自我管理能力，这对许多学生来说是一个挑战。
教材开发成本高，且需要系统设计和实验
要真正开发有效的程序教材需要进行系统的设计和实验，这样会花费很高的代价。这导致程序教学法的推广和应用受到限制。
教学资源和管理上的挑战
程序教学法需要大量的教学资源和良好的教学管理，这在实际操作中可能会遇到各种困难，从而影响其效果和普及。
尽管如此，随着技术的发展，如Scratch等图形化程序语言和机器人等教具的引入，程序教学法有可能解决教学有效性的问题，使得教学的有用性更加稳固。