工程完工后结算并更换施工公司的程序如下：
提出变更申请
向相关主管部门提交变更申请，填写申请表格，并提供企业营业执照、资质证书、施工业绩等必要文件和证明材料。
审核资质和业绩
主管部门对申请公司的资质和业绩进行审核，包括注册资本、施工能力、管理体系等方面。
缴纳变更手续费
根据不同地区和相关规定，申请公司需缴纳一定的变更手续费，并留意相关费用标准。
签订新合同
变更申请获批后，申请公司与原施工公司签订新合同，明确新施工公司的责任和义务，以及双方的权利和义务。在签订合同前，建议双方仔细阅读合同条款，并在有需要时寻求法律意见。
完成交接手续
申请公司需与原施工公司完成交接手续，包括工地资料、施工计划、未完成的工程等。双方应协商好交接的具体事项，确保交接过程顺利进行。
重新办理施工许可证及相关手续
招标完成后，重新办理施工许可证，包括开工报备、办理质量安全监督等手续。
进行工程竣工结算
工程完工并竣工验收合格后，发承包方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。包括对工程项目内容全面清点、检查核对招标文件、报价内容等，并出一份竣工图。
提交审计部门审查
结算书需交给审计部门审查，以确定最终的结算价款。在结算过程中，可能涉及设计变更和现场签证等，需依据合同约定和取费标准进行。
建议在整个过程中，申请公司需保持与主管部门、原施工公司和审计部门的良好沟通，确保每一步骤顺利进行，避免延误。