科级党纪处分程序一般包括以下步骤：
调查核实
对违犯纪律的党员所犯的错误事实进行认真核对调查，写出调查报告。
与党员本人进行谈话，听取他对错误事实的说明和申辩。
讨论决定
一般情况下，必须经过党员大会讨论决定，并按照处分党员的批准权限的规定，逐级报上级党组织批准。
党员大会讨论对党员的处分时，应通知受处分的党员出席会议，允许本人申辩，也允许别人替他辩护。
批准与宣布
党员大会通过处分决定后，应将处分决定和所依据的事实材料同本人见面，并让他在处分决定上签署意见，然后上报。
上级党组织批准对党员的处分决定后，必须经集体讨论决定，并正式下达批复。处分决定下达后，下级党组织应在适当范围内宣布，并通知犯错误的党员。
特殊程序
在特殊情况下，县级和县级以上各级党的委员会和纪律检查委员会有权直接决定给党员以纪律处分。
重要或复杂问题的处理
如果涉及的问题比较重要或复杂，或给党员以开除党籍的处分，应分别不同情况，报县级或县级以上党的纪律检查委员会审查批准。
集体讨论与执行
对违纪党员实施党纪处分应当按照规定程序，经党组织（含纪律检查机关）集体讨论决定，不允许任何个人或者少数人擅自决定和批准。上级党组织对违纪党员作出的处理决定，下级党组织必须执行。
这些程序确保了党纪处分的严肃性、公正性和透明度，维护了党的纪律和党的形象。