部门下设机构的程序通常包括以下几个步骤：
立项
国务院部门下设机构需要报部门立项，省级和较大市可以相应降级处理。
起草
由国务院部门起草相关文件，省级和较大市可以相应降级处理。
审查
将起草的文件送国务院法制机构进行审查，省级和较大市可以相应降级处理。
决定
部门规章需要经过部务会议或委员会会议决定，省级和较大市可以相应降级处理。
公布
部门规章自公布之日起30日后施行，除非涉及国家安全、外汇汇率、货币政策的确定或公布后不立即施行将有碍规章施行，可以自公布之日起施行。
备案
部门规章自公布起三十日内由部门的法制办报国院备案。省规有省法制办报国院、本人常备案。较大市规由市政法制办报本人常、省政府、省人常、国院备案。
这些步骤确保了部门下设机构的设立、变更和撤销等操作符合法律法规的要求，并且经过了充分的审查和论证。