公司发工资的程序通常包括以下几个步骤：
选择代发银行并签订协议
公司选择一家银行作为代发工资的银行，并与之签订代发协议。这一步骤是为了确保工资能够按照约定的时间和方式准确发放到员工手中。
员工信息收集与银行卡办理
公司需要收集所有员工的银行卡信息，并可能为员工批量办理银行卡。这一步骤是为了确保工资能够直接转入员工的银行账户。
工资发放计算
根据员工的职位、级别、工作年限等因素确定基本工资。
根据员工的工作表现和达成的业绩目标计算绩效工资。
根据国家规定的标准和员工实际加班时间计算加班费。
最终确定每个员工的工资总额。
工资数据提交与处理
公司财务部门将代发工资的数据（包括电子版和纸质）提交给银行。数据通常包括员工姓名、工资数额、发放日期等信息。
如果公司在代发银行没有开立基本账户，则需要将资金划入代发银行的指定账户。
银行代发
银行在收到公司提交的工资数据后，会按照约定的时间将工资批量转入每个员工的工资卡中。这个过程通常在每月规定的时间进行。
工资条发放与记录保存
公司在发工资的同时，通常会向员工发放工资条，员工可以根据工资条核对工资数额。
公司需要书面记录每笔工资支付的数额、时间、领取者姓名及签字，并保存这些记录两年以上以备查。
合规性与法律要求
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠劳动者的工资。
通过以上步骤，公司可以确保工资的准确、及时发放，同时遵守相关的法律法规。