监查案件立案程序如下：
初步核实
监察机关在初步核实后，确认监察对象涉嫌职务违法犯罪并需要追究法律责任时，应当按照规定的权限和程序办理立案手续。
报批立案
承办部门需起草立案审查呈批报告，经纪检监察机关主要负责人审批后，报同级党委（党组）主要负责人批准，予以立案审查。
研究调查方案
监察机关主要负责人在立案后，应主持召开专题会议，研究确定调查方案，决定需要采取的调查措施。
宣布立案调查决定
立案调查决定应向被调查人宣布，并通报相关组织。若涉嫌严重职务违法或职务犯罪，还应通知被调查人家属，并向社会公开发布。
监督与审查
检察院在检查监督立案程序中，由承办案件的人员制作《立案请示报告》，经部门负责人或主办检察官审查，部门组织讨论同意，并报请检察长批准。重大、复杂或疑难案件还需检察长提请检察委员会讨论决定。
立案条件
刑事案件立案需有犯罪事实、应追刑责且属管辖范围，按程序审查批准。不予立案的情况包括无犯罪事实等，需通知控告人，不服可复议。
案件受理与初步核实
案件的受理和初步核实是案件检查的前提和基础，通过初步核实了解所反映问题是否存在，为立案与否提供依据。
建议在实际工作中，各相关部门应严格按照规定的程序和要求进行操作，确保立案工作的合法性和规范性。