证据纠正程序主要包括以下几种方式：
征得犯罪嫌疑人或被告人的事后认可
在证据出现瑕疵后，法院会征求犯罪嫌疑人或当事人的意见，以确认是否接受对证据的补正。
修正错误
对于证据中的错误，应当进行修正，以确保其准确性和合法性。
重新实施侦查行为并重新制作笔录
如果证据的瑕疵涉及侦查行为，应当重新进行侦查，并重新制作相关笔录，以纠正原有错误。
作出合理解释或说明
对于无法直接修正或重新实施的证据瑕疵，应当给出合理的解释或说明，以证明该证据的合法性和有效性。
此外，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条的规定，对于收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的情况，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
这些程序旨在确保司法程序的公正性和证据的有效性，防止因证据瑕疵而导致误判。