公司罚款仲裁程序通常包括以下几个步骤：
提交仲裁申请
向当地人力资源和社会保障局（原劳动局）内的劳动争议仲裁委提交劳动仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份、相关证据复印件和证据清单2份，以及用人单位的工商登记信息（如适用）。
案件受理
劳动争议仲裁委员会在收到劳动仲裁申请书之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。
组建仲裁庭
仲裁委员会决定受理的劳动争议案件，应自立案之日起七日内按《劳动争议仲裁委员会组织规则》组成仲裁庭。
调查取证
仲裁委员会有权要求当事人提供或补充证据。
仲裁调解
在查明争议事实的基础上，由仲裁庭或仲裁员主持，对劳动争议案件先行调解。
开庭审理
仲裁庭开庭裁决，应当在开庭的五日前，将开庭时间、地点的书面通知送达当事人。
做出裁决
仲裁庭在审理结束后做出裁决书，对于裁决书不服的，可以向人民法院提起诉讼。
执行程序
若一方不履行仲裁裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。
在整个仲裁过程中，建议当事人保持充分的沟通，并尽可能提供充分的证据以支持自己的主张。如果对仲裁结果不满意，还可以通过法律途径进一步维护自己的权益。