跨域立案的程序如下：
确定是否属于跨域立案服务范围
跨域立案服务范围包括一审民事、行政、执行申请、刑事自诉、国家赔偿申请以及民事申请再审案件。
选择就近法院
当事人或代理人选择就近一家中基层法院，在诉讼服务大厅跨域立案窗口提出立案申请，将法律规定的立案材料交给协作法院工作人员，并简单说明申请立案的管辖法院和案件类型。
核验身份信息
协作法院工作人员核验当事人身份信息后登录跨域立案平台，通过通讯录与管辖法院取得联系，随后将案件材料扫描或者拍照，通过系统直接推送到管辖法院审核办理。
审核立案材料
管辖法院法官在办案系统收到立案申请信息后向协作法院反馈收到材料的情况，然后进入在线立案办理流程。对符合立案条件的登记立案，通过系统自动生成法律文书并推送回协助法院。当事人可以当场拿到法院《受理通知书》。如果管辖法院无法当场判定是否属于立案条件的，也会通过系统向协作法院反馈，告知当事人在法定期限内决定是否立案。
总结起来，跨域立案的流程包括：确定服务范围、选择就近法院、核验身份信息、审核立案材料、立案结果反馈。通过这一流程，当事人可以就近选择法院提交立案申请，由协作法院代为核对和接收材料，并最终由管辖法院进行立案审查，从而方便群众异地诉讼，减少奔波。