保密问题处理程序通常包括以下几个步骤：
案件线索受理
保密行政管理部门或其他相关部门接到关于泄密案件的举报、报告或线索后，应及时受理，并进行初步审查，判断是否符合立案条件。
初查与立案
对受理的线索进行初步调查，确认是否存在泄露国家秘密的事实，并判断是否属于违反保密法律法规的行为。如果符合立案条件，决定立案并进行后续调查。
调查与处理
组织人员对泄露国家秘密的内容、密级、保密期限、已造成的或可能造成的危害、发案经过、具体情节等进行详细调查，并收集相关证据。
根据调查结果，对泄密事件的性质、责任人员进行责任认定，并作出相应的处理决定，包括补救措施、处罚等。
整改与复查
被检查单位应根据检查组反馈的意见进行整改，并向检查组提交书面整改报告。检查组对整改情况进行复查，确保问题得到彻底解决。
查处与报告
对违反保密法律法规的行为，根据保密行政管理部门的建议，追究相关责任人员的责任，并向组织检查的保密行政管理部门书面报告查处情况。
结束检查与归档
检查责任单位确认检查任务完成后，进行总结并将所有相关材料立卷归档，结束检查工作。
技术支持与防范
采用技术手段如加密、权限管理、技术删除、封锁网络传播路径等，防止保密文件进一步泄露。
使用专业的保密管理软件和工具，如安企神，进行实时监控和审计，及时发现并阻止潜在的泄密行为。
法律追责
依据相关法律法规和内部规定，对泄密事件中的责任人进行处罚，严重者依法追究刑事责任。
签订保密协议
与员工签订保密协议，明确双方的权利和义务，为追究泄密责任提供法律依据。
完善保密制度
根据泄密事件暴露出的问题，重新审视和完善单位的保密制度，制定严格的信息分类、访问控制、加密和数据销毁等制度，提升技术防护水平。
通过以上步骤，可以有效地处理保密问题，防止国家秘密泄露，维护国家安全和利益。