公司进行认证时，需要准备和提交一系列程序文件，这些文件是认证过程中必不可少的部分。以下是主要的程序文件：
质量手册
质量手册是描述公司质量管理体系的纲领性文件，包含了公司的质量方针、目标、组织结构、职责、程序、过程和资源等方面的信息。
程序文件
程序文件是具体描述公司如何执行各项质量管理和操作活动的文件，例如文件控制程序、记录控制程序、内部审核程序、不合格品控制程序、纠正措施程序、预防措施程序等。
工作指导书
工作指导书是具体指导员工如何完成特定任务或操作的文件，提供了详细的步骤和说明。
记录表
记录表用于记录公司的质量活动、审核结果、培训情况等，是认证过程中需要提交的重要文件。
其他相关文件
根据不同的认证类型（如ISO9001、ISO14001、ISO45001等），可能还需要提交其他相关的程序文件，例如环境管理手册、职业健康安全管理手册等。
在准备这些程序文件时，公司需要确保文件的内容符合认证标准的要求，并且文件之间相互协调、一致。此外，文件需要定期更新和维护，以反映公司管理体系的持续改进。
建议公司在进行认证前，咨询专业的认证机构或咨询顾问，以确保文件准备充分、符合要求，从而提高认证的成功率。