汽车不能刷程序的原因主要有以下几点：
保修问题：
刷程序可能会影响汽车的保修和使用寿命。一旦车辆因为刷程序出现问题，4S店可能会拒绝提供保修服务，给车主带来不必要的麻烦和经济损失。
燃油品质要求：
刷程序后，车辆对汽油的品质要求会增高。例如，一些车辆原本只需加92号汽油，但刷了程序后需要加95号汽油，因为发动机超频运转需要更高质量的燃料。
温度要求：
刷程序后，发动机需要更精确的温度控制，因为超频运行的发动机对冷却系统的依赖性显著增强。如果冷却系统不足或者维护不当，发动机寿命将受到威胁。
整车平衡：
刷程序可能会破坏车辆的整车平衡，影响其他零部件的正常工作，从而影响整车的性能和稳定性。
法规限制：
对于国产车来说，由于国家法规的限制，ECU软件受到保护，无法被非法更改或篡改。这是为了防止车主通过更改ECU软件程序来达到超标排放的目的。
年检问题：
刷程序的车辆在年检时可能会遇到困难，需要额外花费才能通过。
综上所述，虽然刷程序可能在短期内带来性能上的提升，但长期来看，其潜在的风险和问题远远大于所能带来的便利。因此，建议车主在考虑刷程序时，务必权衡这些影响，确保在追求性能提升的同时，不会对汽车的正常运行和使用寿命造成不可逆的损害。