软件侵权纠纷的认定需要综合考虑多个因素，包括行为人的主观故意、客观行为以及行为结果等。以下是软件侵权纠纷认定的主要依据和标准：
主观故意：
行为人必须具有侵犯软件著作权的明确意图。这可以表现为明知行为将侵犯他人版权，但仍然继续实施相关行为。
客观行为：
行为人必须实施了具体的侵权行为，如未经著作权人许可发表、使用、复制、登记软件，或将他人软件当作自己的软件发表或登记，或在他人软件上署名或更改署名等。
行为结果：
行为人的侵权行为必须导致软件著作权人遭受实际损失，包括财产损失和名誉损害。
实质性相似加接触分析法：
这是一种常用的软件侵权认定方法，通过分析两项程序之间在形式和内容上的相似性，以及侵权人是否接触过原软件，来判断是否存在侵权。
创意/表达分离原则：
根据这一原则，计算机软件的法律保护仅针对其表达形式，而不保护其创意或功能。因此，即使两个软件在功能或设计上相似，但如果它们的表达方式不同，则不构成侵权。
权利用尽原则：
如果软件著作权人已经将软件合法授权给他人，那么他人在特定条件下再次使用该软件不构成侵权。
举证责任分配：
在软件侵权纠纷中，通常需要原告提供证据证明被告的侵权行为，而被告则需要证明其行为的合法性。
法律责任：
一旦认定为软件侵权，侵权人需要承担相应的法律责任，包括停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等。
在实际操作中，软件侵权的认定可能涉及复杂的技术和法律问题，因此通常需要专业的法律和技术人员进行综合分析和判断。此外，不同国家和地区的法律规定可能存在差异，因此在处理跨国软件侵权纠纷时，还需要考虑国际版权法和各国具体的法律规定。