软件企业退税的办理流程如下：
申请条件
取得软件检测机构出具的《软件评测报告》。
拥有《软件产品登记证书》或《计算机软件著作权登记证书》。
所有文件中的软件产品名称必须保持一致。
申请流程
取得《软件产品登记证书》后，纳税人应携带《税务认定审批确认表》和登记证书复印件，至办税服务厅申请税务资格登记。
完成资格认定后，纳税人即可正式办理退税。
发票开具的注意事项
完整开票要素：开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全。
一致的软件产品名称：发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
合并开票：若同时销售自产软件与其他产品，需在同一张发票中列出，并注明软件名称。
退税申报表的填写
填写附表一：《本期销售情况明细》的“即征即退”栏次中，填列软件产品销售收入。
填写主表：申报表主表会自动生成部分数据，但需手动填写销项税额、进项税额等项，注意“本年累计”数据需手动计算填写。
进项税额分摊：对无法划分的进项税额，需按实际成本或销售收入比例分摊到软件产品。
提交申请材料
企业需准备好产品销售发票、软件著作权登记证书、软件产品登记证书、税务登记证、财务报表、增值税纳税申报表、销售合同及发票副本等相关材料，向税务机关提交退税申请。
税务机关审核
税务机关会审核申报材料，包括销售额、进项税额及应退税款，可能会要求提供额外证明。企业应积极配合税务机关的工作，及时提供所需的证明材料。
退税
审核通过后，税务机关将退税款退还给企业，企业需核对退税金额，确保准确。收到退税款后，企业应合理安排资金，用于企业的发展和创新。
建议企业在办理软件企业退税时，提前准备好所有必要的文件和资料，并严格按照税务机关的要求进行申请和提交，以确保退税流程顺利进行。如有疑问或需要进一步的帮助，可咨询专业的税务顾问或直接联系主管税务机关。