申请软件著作版权的流程如下：
实名认证
无论自行申请还是委托代理申请，都需要在版权中心官网注册账号并进行实名认证。实名认证周期为1-3个工作日。
准备材料
准备好所有必要的申请材料，包括申请表、著作权登记表、身份证明文件、转让协议（如适用）、软件设计说明书或用户手册等。
对于个人申请，需要提供身份证复印件；对于企业申请，需要提供营业执照副本复印件或机构证书复印件。
提交材料
在版权中心官方网站注册用户名，用于填写、修改和打印软件著作权申请表。
提交材料时，需要同时提供电子稿和纸质稿。纸质稿需按特定格式打印，并可能需额外提交软件设计说明书或用户手册等材料。
在线填报信息
填报软件的基本信息，包括软件名称、简称、版本号、开发完成日期、开发方式等。
详细填写软件的分类、说明、发表状态、开发硬件环境、运行硬件环境、操作系统、开发工具、运行平台、编程语言等信息。
提供软件的功能特点和技术特点介绍，以及软件使用说明。
上传软件源代码文档，通常要求提供前1500行和后1500行，不足3000行则全部提供。
审核过程
提交申请后，版权中心进行初步审核，审核通过后将著作权证书信息公布在网络上供申请人查看。
申请人可以前往软件协会或版权中心领取正式的著作权登记证书。
注意事项
在填写申请表时，需特别注意填写准确的时间信息，包括申请时间、软件开发时间及完成时间，并核对软件名称的正确性。
申请表的格式要求严格，需确保信息的准确性和完整性，避免出现作者名字以避免纠纷。
通过以上步骤，申请人可以完成软件著作权的申请并获得相应的证书。建议提前准备好所有材料，并详细填写申请表，以确保申请过程顺利。