在PE系统中运行软件的方法如下：
使用PE自带的维护工具
PE系统是一个精简的系统，主要包含普通系统的核心部分，用于维护。
PE系统自带的维护工具可以运行，通常不需要声音。
复制文件到PE系统
如果需要在PE系统中运行某个软件，可以找到该软件的安装文件，并将其复制到PE系统的相应目录下。
例如，如果软件需要`C:\WINDOWS\system32`目录下的某个文件，可以将其复制到PE系统的`C:\WINDOWS\system32`目录下，然后重新运行软件。
使用PE的搜索功能
PE系统在运行软件时，会先从软件的同一目录下寻找所需文件，然后是PE系统的核心文件。
如果PE系统缺少某些文件，可以通过设置让PE系统自动搜索原系统的系统文件夹（如`C:\WINDOWS\system32`或`C:\WINDOWS`），从而找到并运行软件。
使用外部存储设备
制作一个PE启动盘，并将需要安装的软件包解压到U盘或移动硬盘中。
在PE环境下打开资源管理器，找到解压后的软件文件夹，双击运行安装程序，并按照提示进行安装。
运行绿色软件
对于绿色软件（即不需要安装即可运行的软件），只需将软件的可执行文件（如`.exe`文件）复制到PE系统的任意位置，然后双击运行即可。
修改PE配置文件
可以通过修改`Startnet.cmd`、`Unattend.xml`和`Winpeshl.ini`文件，将自定义脚本加入到PE系统中，从而实现运行脚本的功能。
建议
备份重要数据：在操作过程中，建议备份重要数据，以防数据丢失。
选择合适的PE系统：不同的PE系统可能支持不同的软件运行，选择合适的PE系统可以提高软件运行的兼容性。
了解软件需求：在PE系统中运行软件前，先了解软件的系统需求，确保PE系统满足这些需求。