软件企业可以通过以下方式降低税负：
合理利用地方税收优惠政策
在税收优惠园区设立新公司或个体户，分流业务以享受地方财政的税收奖励扶持。例如，增值税和企业所得税可以奖励给企业留存部分的70-90%。
在园区内设立个体户或个独企业，合理分包部分业务，享受核定征收，核定个税为0.5-1%，综合税率低至2.5%。
优化内部成本结构
尽量减少无效成本的支出，提高效益，合理规划成本费用，确保成本费用的真实性和合理性。
充分利用国家税收优惠政策
软件技术企业可以享受高新技术企业或重点软件企业减征按15%税率缴企业所得税的政策。
研发费用加计扣除，企业应规范研发费用的核算和管理，确保研发费用的真实性、准确性和完整性，以便顺利享受加计扣除政策。
合理利用税收洼地
在全国有特殊经济园区里，软件企业可以申请企业所得税和增值税的税收奖励。
在税收洼地如上海或重庆注册个人独资企业，不需要缴纳企业所得税，个人所得税进行核定征收，完美解决成本问题。
企业财务管理优化
合理规划固定资产折旧，合理安排研发活动，提高研发效率，降低研发成本。
加强企业成本控制和核算，确保每一笔支出都合法并能够得到相应的发票。
其他税务筹划策略
软件企业可以通过认证双软资质，享受三免三减半的优惠政策。
企业职工教育经费不超过工资薪金总额8%的部分准予税前扣除。
对经认定的技术先进型服务企业，减按15%的税率征收企业所得税。
专业税务咨询
寻求专业税务咨询的帮助，确保税务合规性，合理利用创新研发费用加计扣除、精确计算间接成本、合理开展分包业务、合规开设子公司等策略来降低税负。
通过上述方法，软件企业可以有效降低税负，提高经济效益。