软件退税的流程如下：
取得相关证书和资格
取得《软件产品登记证书》后，纳税人应携带《税务认定审批确认表》和登记证书复印件，至办税服务厅申请税务资格登记。
确保企业已按照国家规定完成税务登记，并取得相关资质。
开具发票和会计核算
在软件产品开发完成后，及时向税务部门申请软件产品登记和认定。
按照税法规定，将符合条件的软件销售收入进行会计核算，并保留相关凭证和资料。
开具增值税发票时，销货单位、商品名称、型号、金额等信息需填写齐全，且发票中的软件名称必须与《软件产品登记证书》一致，版本号也需填写。
申请退税
在年度所得税汇算清缴时，向税务部门申报退税，并提供必要的退税申请材料。
通过电子税务局或其他指定渠道提交退税申请，填写相关表格，提供必要资料。
税务机关对申请进行审核，符合条件的，退还相应税款。
审核与办理
拟定申报单，准备相关材料，如营业执照、合同、发票、票据等。
完成退税办理，包括缴纳税费、开出税收退费凭证、领取相应的资金等，并与有关税务机关进行沟通，协商双方在退税方面择期及收税方案。
其他注意事项
计算实际税负，若实际增值税税负超过3%，可申请退还超出部分。
取得软件检测机构出具的《软件评测报告》，该报告是对软件产品质量和性能的重要评估。
建议：
企业应确保所有步骤和文件都严格按照规定准备和提交，以确保退税流程顺利进行。
在申请退税前，建议先咨询当地税务机关或通过电子税务局了解详细的操作指引和所需材料，以避免不必要的延误。