DNA比对软件有多种，每种软件都有其独特的功能和优势。以下是一些常见的DNA比对软件：
Clustal Omega：
这是一个基于在线版的Clustal Omega工具，用于蛋白、DNA、RNA序列比对，分析进化保守序列。虽然在线版运行速度较慢，但官网提供了离线版，可以通过命令行操作。
NCBI BLAST：
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是短序列比对中最常用的工具，支持核酸和蛋白的双序列比对，并可以在蛋白质或DNA数据库中进行相似性比较。NCBI上的在线BLAST工具包括Nucleotide BLAST、Protein BLAST、BLASTX和TBLASTN四种功能模块。
DNAMAN：
使用ClustalW算法（Feng-Doolittle和Thompson）进行最佳对齐，使用全局对齐算法（Wilbur和Lipman）进行快速对齐。DNAMAN提供了三种最佳比对方法，并支持在多比对序列编辑器中进一步修改或调整比对。
GeneDoc2.7：
这是一款蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，能够对其他软件的比较结果进行进一步处理，如编辑和修改，并以图形格式输出。
Vector NTI Suite：
这是一套功能全面的分子生物学应用软件包，包括四个大型软件，分别对DNA、RNA、蛋白质分子进行各种分析和操作。Vector NTI是其中核心部分，提供数据组织和序列编辑的软件支持。
Oligo 6：
这是一款广泛使用的引物设计软件，除了可以完成各种引物和探针的设计与分析外，还具有高级功能，如已知一个PCR引物的序列，搜寻和设计另一个引物的序列。
APE：
这是一个多功能的软件，可以进行DNA序列比对、翻译、引物设计、酶切位点设计、质粒图谱构建和ORF查找等。
Snapgene：
虽然具体信息不明确，但Snapgene在质粒图谱构建方面比APE更为好用，且是收费软件。
这些软件各有特点，用户可以根据具体需求选择合适的工具进行DNA序列比对和分析。例如，如果需要快速比对大量序列，Clustal Omega和NCBI BLAST是不错的选择；如果需要更高级的引物设计功能，Oligo 6可能更适合；而如果需要全面的分子生物学分析工具，Vector NTI Suite可能更为合适。