清查单位软件的方法如下：
使用专门的软件工具
企业查询宝：这是一款企业信息查询软件，提供一键查询功能，包含强大的企业信息，如工商信息、联系方式、股东和高管等。适用于需要全面了解企业情况的人士。
天眼查：专业的公司信息查询工具，可以查询股东信息、主要人员等，并且能够添加公司和其他员工。覆盖2亿多社会实体信息，数据维度达300多种，查询准确且全面。
启信宝：提供丰富的企业信息搜索查询功能，包括投资招标信息、资质许可、处罚等，并有专业监控功能，支持微信公众号通知。
启信慧眼：企业数据集成平台，汇集各类相关信息，支持毫秒查询，与国家权益网站同步，查询结果准确。
利用官方小程序
第五次经济普查单位清查小程序：通过登录和注册，进入单位清查页面，可以选择不同的单位类型（如企业、机关、事业单位等）进行清查。
数据库查询
SQL SERVER数据库：使用查询分析器编辑查询脚本程序查找有问题的单位。需要安装查询分析器并进行身份验证，然后在查询区域中粘贴查询脚本，按“F5”执行查询，导出查询结果。
MSDE数据库：由于没有查询分析器，无法通过脚本查询出错单位。可以使用久其公司自主开发的资产管理工具来查找出错单位。
建议
选择合适的工具：根据实际需求选择合适的企业信息查询工具或官方小程序，以确保查询的准确性和效率。
定期更新：定期更新所使用的工具，以获取最新的企业信息和数据。
数据安全：在使用这些工具时，注意保护个人隐私和企业敏感信息，避免数据泄露。