医疗软件行业的主要部门或系统包括：
医院信息系统（HIS）：
用于管理医院内部的各种信息流，包括患者信息、医生信息、预约信息、财务信息等，实现医院内部各个部门的信息共享和协同工作。
电子病历系统（EMR）：
用于记录和管理患者病历信息，实现病历的电子化，方便医生随时查阅和更新病历信息，提高诊疗效率和准确性。
检验检查系统（PACS/LIS）：
用于管理和存储患者的检验和检查结果，便于医生查阅和对比。
临床决策支持系统（CDSS）：
为医生提供临床决策支持，帮助医生做出更准确的诊断和治疗决策。
远程医疗系统（Telemedicine）：
通过互联网提供远程医疗服务，使患者能够在家中接受医疗咨询和治疗。
区域卫生信息平台（RHIN）：
在一定区域范围内，为医疗服务提供者、卫生管理机构、患者、医疗支付方以及医药产品供应商等机构提供以数字化形式搜集、传递、存储、处理卫生行业数据的业务和技术平台。
健康管理系统（HMS）：
用于管理患者的健康信息，提供健康评估、健康干预等服务。
医疗设备管理系统：
用于管理医院内的各种医疗设备，确保设备的正常运行和维护。
门诊管理软件：
用于管理医院的门诊流程，包括患者挂号、就诊、检查、取药等。
区域医疗信息化推动专家：
如北京中兴正远科技有限公司等，负责推动区域医疗信息化的发展。
这些部门和系统共同构成了医疗软件行业的核心，支持着医疗机构的信息化建设，提高医疗服务的效率和质量。