PrimerPlex：
这是一款功能强大的多重PCR引物设计软件，主要用于基因表达分析、PCR引物设计、SNP检测和高吞吐量基因分析等。它支持64位系统。
Primer3：
这是一款广受欢迎的PCR引物设计软件，基于一系列算法，能够自动为给定的基因序列设计出合适的PCR引物。用户只需输入目标序列的DNA或RNA信息，设定一些基本参数，如引物长度、GC含量、退火温度等，Primer3便能快速生成符合要求的引物序列。此外，它还提供了多种引物筛选和评估方法。
InSequence：
这是一款全新的国产引物设计软件，具备简单易用、免费且拥有完全自主知识产权的特点。它支持智能读取序列信息，兼容GenBank、Addgene等格式，支持千万数量级的DNA/RNA核酸链，并能高效便捷地修改特征、酶切位点、引物等。软件提供定性和实时荧光定量PCR引物设计功能，包括计算引物长度、Tm值、GC含量、引物二聚体预测等，并支持一键插入常用多肽标签和密码子。
NEBcutter：
这是NewEnglandBiolabs公司开发的一款在线引物设计软件。除了基本的引物设计功能外，它还能对引物进行限制性酶切位点分析，帮助用户快速找到适合酶切的引物。此外，NEBcutter还提供了详细的PCR引物设计指南和常见问题解答，为用户提供了优秀的技术支持。
Primer Premier5.0：
这是一款自动搜索引物的软件，具有引物评价功能。
Oligo6：
这是一款引物评价软件。
Vector NTI Suit：
这是一款用于引物设计的软件。
vDNAsis：
这是一款用于引物设计的软件。
Omiga：
这是一款用于引物设计的软件。
DNAstar：
这是一款用于引物设计的软件。
这些软件各有特点，用户可以根据自己的需求和偏好选择合适的工具进行PCR引物设计。