软件系统可以通过以下方法进行加密：
选择合适的加密算法
SM2算法：这是一种基于椭圆曲线密码学（ECC）的非对称密钥算法，具有较高的加密强度，适用于数据的安全传输。例如，在门禁一卡通系统中，SM2算法被广泛应用于用户敏感信息的加密传输，以确保信息在传输过程中不被窃取或篡改。
SM3算法：这是一种密码杂凑算法，用于生成数据的摘要值，确保数据的完整性和真实性。该算法在数据完整性校验和数据认证方面非常有用。
数据传输加密
使用SSL/TLS协议对数据传输进行加密，确保数据在传输过程中不被截获或篡改。
采用IPSec协议对网络通信进行加密，保护数据在网络中的安全。
数据存储加密
对存储在数据库中的敏感数据进行加密，如用户密码、个人信息等，以防止未授权访问。
使用全盘加密技术（如BitLocker、FileVault）对整台设备的磁盘进行加密，保护数据在设备丢失或被盗时的安全。
访问控制
实施严格的访问控制策略，确保只有授权用户才能访问敏感数据。
使用多因素认证（MFA）和强密码政策，进一步提高系统的安全性。
安全编码实践
在开发过程中遵循安全编码标准和最佳实践，防止常见的安全漏洞，如SQL注入、跨站脚本（XSS）等。
定期进行安全审计和代码审查，及时发现并修复潜在的安全问题。
使用安全框架和库
使用经过安全认证的框架和库，如Spring Security、OAuth2等，以减少开发过程中的安全风险。
定期更新这些框架和库，以获取最新的安全补丁和功能。
通过以上方法，软件系统可以实现多层次、全方位的安全保护，确保数据和系统的安全性。