一、刚性对接软件
AutoDock系列 AutoDock：
经典刚性对接工具，需命令行操作，但可通过ADT实现图形化界面
AutoDock Vina：改进版，提升结合模式预测准确度，支持约20个可旋转键
PyRx：基于AutoDock的虚拟筛选工具，适合不熟悉Linux的用户
ZDOCK 基于快速傅里叶变换的刚性对接程序，通过能量、空间互补性等打分函数评估结合姿态，提供复合物结构预测
GRAMM-X
使用FFT技术全局搜索最佳刚体构象，支持多模式输出（如能量、接触面积等），适合复杂蛋白结构对接
Vakser Lab的GRAMM-X
在线平台，提供免费计算资源，支持多蛋白复合物对接，适合需要大规模计算的用户
二、柔性对接软件
HADDock： 需联系开发者获取免费权限，擅长处理蛋白质局部柔性结合 Rosetta
三、其他工具与平台
Chimera/Pymol：分子可视化工具，常与对接软件配合使用
SwissDock：虽以预测亲和力为主，但Chimera等工具可辅助实验验证
Discovery Studio：商业软件，提供自动对接、虚拟筛选及分子编辑功能
Schrodinger：商业平台，集成对接、分子动力学模拟及药物设计工具
四、注意事项
选择依据：刚性对接适合结构较简单的蛋白，柔性对接需谨慎选择工具并控制计算成本
验证手段：建议使用多个工具交叉验证结果，或结合实验数据确认
计算资源：部分工具（如Vina、GRAMM-X）需较高计算能力，建议优先使用在线平台
以上工具覆盖了从基础到高级的对接需求，可根据具体场景选择合适方案。