软件保护版权的方法包括：
注册软件著作权
开发者应注册软件著作权，以获得法律保护。注册时需要提供软件的源代码、设计图纸等相关资料，确保权益得到充分保障。
采取加密技术
使用各种加密算法对软件进行加密处理，防止非法复制、篡改或传播。此外，还可以采用硬件锁、网络验证等技术手段提高软件的安全性。
建立完善的授权机制
对参与开发的团队或个人进行授权管理，明确各自的权利和义务，防止版权纠纷。对于商业用途的软件，应与用户签订明确的授权协议，规定使用范围和权限。
加强与其他开发者的合作与交流
加入相关行业协会或组织，共同制定行业规范和维权措施，提高整个行业的版权保护意识。
收集充分的证据
维护详尽的开发文档，包括设计文档、源代码注释、更新记录等，作为证据，证明软件的独创性和作者的权益。进行知识产权认证，获取官方认可的权益证明。使用电子取证平台保存软件开发的时间线、更新记录等信息，作为未来维权的有力证据。
选择合适的版权保护策略
根据软件的应用范围、目标用户及可能的侵权风险，选择合适的版权保护策略，如申请专利、注册商标、加密措施等。同时，选择可靠的软件开发方式，如封闭源代码、代码混淆等，并使用授权协议限制他人使用和修改软件的权限。
建立完善的知识产权管理制度
建立专门的知识产权管理团队，监测和管理软件版权问题，确保及时响应和处理侵权事件。
及时登记著作权
在软件开发完成后，尽早进行软件著作权登记，以便在发生纠纷时提供有力的法律证据。
合同管理与保密措施
在软件开发过程中，与员工和相关合作方签订合同，明确权利和义务，并采取保密措施，防止技术秘密泄露。
向员工提供正版软件
单位应提供正版软件，并对员工进行教育，防止使用盗版软件，确保单位内部使用的软件都是合法的。
防止未经授权的复制和使用
采取各种措施防止员工使用盗版软件，定期检查计算机硬盘，确保所有程序为正版，并对盗版行为进行纠正和处罚。
向版权局投诉或提起诉讼
发现侵权行为时，可以向版权局投诉或向法院提起诉讼，要求停止侵权行为并赔偿损失。
通过以上措施，软件开发者可以有效地保护自己的版权，防止他人侵犯。