电脑中运行最快的磁盘是 M.2固态硬盘（NVMe协议+PCIE4.0）。根据最新的数据，M.2固态硬盘在PCIE4.0通道下的读取速度可以达到5000MB/S甚至更高。这种硬盘使用NVMe协议，与SATA固态硬盘的AHCI协议相比，提供了更高的传输速率。
尽管有观点认为越靠近系统盘的磁盘运行速度越快，但实际上，硬盘的性能主要取决于其自身的硬件规格，如接口类型、协议和读写速度，而不是其物理位置。因此，将游戏或其他大型应用程序放在非系统盘（如D盘）上，并不会影响其运行速度。
需要注意的是，如果主板只支持PCIE3.0总线，而硬盘支持PCIE4.0，那么硬盘的性能将受到主板限制，无法达到其最佳速率。此外，如果硬盘是M.2接口，但主板没有相应的接口，那么硬盘也无法使用。
综上所述，对于需要高速读写的场景，如游戏、视频编辑和大型文件处理，建议使用M.2固态硬盘（NVMe协议+PCIE4.0）。如果需要大容量存储，可以考虑使用SATA固态硬盘或机械硬盘作为数据备份盘。