软件企业在税局备案的流程如下：
软件企业认定
企业需满足软件企业的认定标准，包括自主研发能力、技术创新能力等。
提交相关材料至当地科技或工信部门，进行软件企业认定。
认定通过后，向税务部门提交税收优惠备案申请。
退税备案
企业需要准备相关材料，如税务登记证、财务报表等。
提交退税申请，并填写退税申请表。
税务部门会对申请进行审核，包括企业资质、退税金额等。
审核通过后，企业需进行备案登记，并等待税款退还。
嵌入式软件增值税即征即退备案
必备资料包括《退 （抵） 税申请审批表》、书面申请报告、软件检测证明材料复印件、《软件企业认定证书》复印件、软件产品纳税申报表复印件、增值税完税凭证复印件、财务资料等。
审批时间为14个工作日内，企业提交资料后税务机关立即受理。
双软企业税务备案
需要向当地工商行政管理部门提出软件开发资质审查申请，并提交申请材料以及缴纳必要的费用。
经审查颁发《双软企业资质审查证明》，并在税务机关备案登记。
财务申报软件备案
企业使用的财务或业务系统必须通过所属财政局的验收，即通过会计电算化备案。
备案涉及到大量财务数据的处理，一般由专业代理机构协助完成。
电子税务局操作
进入当地电子税务局，寻找“新企业开办一件事”或类似功能模块，按照提示进行填写。
填写《财务会计制度备案表》，包括公司的财务负责人信息、选择的会计准则及财务软件的备案信息。
提交后，税务人员会根据资料进行审核，确认无误后进入下一步流程。
备案资料报送
在电子税务局中，选择“财务会计制度及核算软件备案报告”，填写企业信息，选择会计制度，并上传相关附件。
提交后等待1-2个工作日，工作人员审核通过后，财务制度即备案成功。
建议企业在进行税局备案时，确保所有材料的真实性和完整性，并提前了解相关政策和流程，以节省时间和精力。