软件公司合理避税的方法主要包括以下几点：
双软企业和高新技术企业认证
软件公司可以申请双软企业和高新技术企业认证，享受两免三减半和15%的低税率。
研发费用加计扣除
软件公司可以设立单独的研发费用明细账簿，享受每年研发费用50%的额外扣除。
增值税筹划
软件公司可以通过设立多家公司，避免对一家公司使用多个税率，并利用国内特许权使用费税率较低的优势。
入驻税收优惠园区
软件企业可以入驻税收优惠园区，申请核定征收，个人独资企业不需要缴纳企业所得税。
提高员工福利
软件公司可以通过提供员工福利待遇的方式，计入成本，进而摊销利润，达到节税目的。
合理调整业务结构
软件公司可以通过合理调整业务结构、选择合理的采购和销售方式等方式进行避税。
利用税收洼地
软件公司可以在税收洼地注册公司，享受当地政府的税收返还或核定征收优惠。
合理利用税收平台
软件公司可以与专业的税务筹划平台合作，获取合法合规的节税方案。
控制成本费用
软件公司应加强内部管理，确保成本发票足额取得，准确记录核算各项成本费用，并进行合理列支。
优化企业架构与业务模式
软件公司可以通过设立子公司或分公司，将部分业务分包过去，享受相应税收优惠。
所有这些避税方法都需要在合法合规的前提下进行，避免任何逃税或偷税行为。建议软件公司在实施避税措施时，咨询专业的税务顾问或律师，确保所有操作符合相关税法规定。