软件确认所有权的方法和原则主要包括以下几点：
著作权法原则
根据著作权法，软件的创作者享有软件的著作权，包括发表权、署名权、修改权等。
软件开发者包括在软件上署名的自然人、法人或其他组织。
合同约定原则
通过合同约定，明确软件归属权。在软件开发过程中，开发者与企业之间、开发者之间可以通过合同明确软件的知识产权归属。
对于合作开发的软件，合作开发者签订书面合同约定著作权归属。
合法使用原则
对于购买的软件，购买者获得软件的使用权，但归属权仍然属于软件开发者。
其他相关规定
《计算机软件保护条例》规定，软件著作权一般属于软件开发者，除非法律另有规定。
在合作开发的情况下，如果没有书面合同或合同未作明确约定，合作开发的软件可以分割使用的，开发者对各自开发的部分可以单独享有著作权；合作开发的软件不能分割使用的，其著作权由各合作开发者共同享有。
接受他人委托开发的软件，其著作权的归属由委托人与受托人签订书面合同约定；无书面合同或者合同未作明确约定的，其著作权由受托人享有。
由国家机关下达任务开发的软件，著作权的归属与行使由项目任务书或者合同规定；项目任务书或者合同中未作明确规定的，软件著作权由接受任务的法人或者其他组织享有。
建议
明确合同内容：在软件开发过程中，建议签订详细的合同，明确软件的知识产权归属，以避免后续纠纷。
保留证据：无论是自主开发还是合作开发，都应保留相关开发记录和证据，以便在需要时证明自己的权益。
了解法律：熟悉相关的法律法规，如《计算机软件保护条例》，以便在出现争议时能够依法维权。