申请软件发明专利的流程如下：
咨询专业人士 ：明确软件的技术特点和创新点，以确定申请方向。签订代理协议：
与专利代理机构签订代理委托协议，明确双方的权利与义务。
技术交底：
向代理机构提供详尽的技术资料，包括软件设计说明书、源代码等，以便代理机构准备申请文件。
准备申请文件：
代理机构根据技术交底内容，准备请求书、说明书、权利要求书及说明书附图等申请文件。
提交申请：
将申请文件提交至国家知识产权局专利局或其受理窗口。
缴纳申请费：
按照专利局的要求缴纳申请费用。
审查过程
形式审查：
专利局对申请文件进行形式审查，确定是否符合受理条件。
实质审查：专利局对申请文件进行实质审查，评估其新颖性、创造性和实用性。
授权与公告
授权：若审查通过，专利局将发出授权通知书，并办理专利登记手续。
公告：专利被授权后，将在专利公报上进行公告。
复审或放弃：
若审查未通过，申请人可选择复审或放弃申请。
建议
专业咨询：由于专利申请涉及复杂的法律和技术问题，建议咨询专业的专利代理机构或律师，以确保申请文件的质量和申请过程的顺利进行。
充分准备：在申请前，确保所有必要的文件和资料都已准备齐全，并且符合专利局的要求。
及时跟进：在申请过程中，及时跟进审查进度，并根据专利局的通知进行相应的后续操作。