软件进行版权保护的方法包括：
注册软件著作权
在国家版权局或相关机构注册软件著作权，为软件提供法律保护，使其具备法律效力。
保密措施
在开发过程中，采取必要的保密措施，限制对源代码和其他关键信息的访问，防止未经授权的复制和使用。
使用许可协议
通过使用许可协议，明确规定软件的使用范围、限制和授权条件，确保用户在合法范围内使用软件，同时限制未经授权的复制和分发。
版权声明
在软件中包含版权声明，明确标注软件的版权归属和保护信息，提醒他人注意版权问题，减少侵权的可能性。
加密和数字签名
对软件进行加密处理，防止未经授权的修改和复制。同时，使用数字签名技术，确保软件的完整性和真实性。
监测和维权
定期进行软件侵权监测，及时发现和处理侵权行为。如果发现侵权行为，可以采取法律手段维护自己的权益，包括发出警告函、提起诉讼等。
合理授权
如果希望其他人使用自己的软件，可以通过授权许可协议进行合理授权，明确规定使用条件和权益，确保合法使用和收益分享。
团队管理和保密协议
对于软件开发团队，建立严格的管理制度和保密协议，明确员工的责任和义务，保护软件的知识产权。
著作权转让
著作权人可将其作品财产权部分或全部转移给他人，需签订书面合同并办理相关手续。
著作权许可使用
著作权人可将其作品许可使用人以一定的方式、在一定的地域和期限内使用，需签订许可使用合同并明确相关条款。
法律途径
在发生软件著作权争议时，可以通过向版权局投诉或向法院提起诉讼等法律途径维护自己的权益。
版权贸易
在进行软件版权贸易时，软件著作权登记证书作为权利证明，有利于交易的顺利完成，并提升软件作品的价值。
通过以上方法，软件开发者可以有效地保护自己的软件著作权，防止他人侵权，并在发生争议时维护自己的合法权益。