在开票软件上扣除税款的流程如下：
确保会计系统配置正确
首先，确保会计系统已经正确配置了税务信息，包括税率、税种等。
开具发票
在开票系统中完成发票开具，系统会自动将发票信息同步至会计系统。
税额扣税
进入会计系统的税务管理模块，选择“税额扣税”功能。系统会根据预设规则自动匹配并扣除相应的税额，财务人员只需确认无误后保存即可。
发票认证
企业需通过税控系统导入或扫描增值税专用发票的信息，进行电子发票的认证。这一步确保发票的真实性和合法性。
进项税录入
认证后的发票信息会自动进入系统，需核对无误后，将进项税额录入到系统的抵扣明细表中。
抵扣计算
系统会自动计算可以抵扣的增值税额，根据企业的销项税与进项税情况，自动进行抵扣计算。
申报表填写
在每月或每个季度的纳税申报期内，根据税控系统计算的结果，填写增值税纳税申报表的相应栏目。
提交申报
最后，通过税控系统在线提交申报表，完成增值税的抵扣操作。
建议
确保所有操作步骤符合税法规定，确保所有数据的准确性和合规性。
在进行税额扣税前，务必确认好会计系统和开票系统的数据一致性，以避免因数据错误导致的税务风险。
定期进行税务申报和税额扣税，确保及时完成税务申报工作。