检测网站恶意软件的方法有多种，以下是一些常用的手段：
使用安全工具扫描网站文件
利用杀毒软件和Web应用程序防火墙扫描网站的源代码，查找已知的恶意软件特征。
利用在线服务进行恶意软件检测
VirusTotal：通过上传文件到VirusTotal平台，利用其全球知名的反病毒引擎进行检测，该服务无需登录即可使用。
360沙箱：提供全面的文件和程序安全分析，支持文件上传和实时检测，需要登录。
腾讯哈勃分析系统：腾讯提供的免费分析平台，专注于恶意软件检测和行为分析，无需登录。
Jotti：支持多个反病毒引擎扫描文件，允许同时上传多个文件进行分析。
定期更新和维护网站
定期更新网站软件和插件，修复已知的安全漏洞，防止恶意软件利用这些漏洞入侵。
强化访问控制
限制对敏感资源的访问权限，减少恶意软件入侵的机会。
监控异常流量和使用入侵检测系统（IDS）/入侵防御系统（IPS）
监测网络流量，识别潜在的恶意活动，并采取措施阻止这些活动。
使用防火墙和数据丢失防护（DLP）系统
控制网络流量，阻止未经授权的访问，并检测敏感数据的使用和传输。
静态和动态分析
静态分析：通过分析文件的签名、哈希值、字符串等特征来识别恶意软件。
动态分析：执行恶意软件，观察其在运行时的行为，如内存分析等。
关注软件或网站的来源
检查开发者的信誉和历史，避免使用来源不明的软件或网站。
使用专业的防恶意软件工具
如Windows Defender、Malwarebytes Anti-Malware、Avast Free Antivirus、Kaspersky Anti-Virus、McAfee AntiVirus Plus等，这些工具可以帮助检测和清除系统中的恶意软件。
通过综合运用上述方法，可以有效地检测和清除网站上的恶意软件，保障网站和用户的安全。建议定期进行安全扫描和漏洞修复，以维持网站的安全性。