软件服务合同的缴税方式主要涉及印花税和增值税，具体如下：
印花税
缴纳方式：软件服务合同的印花税可以通过税务局进行缴纳，具体方式包括在线缴纳（如通过国家税务局网站、网上银行、支付宝等）、网点缴纳（前往国家税务局网点）和银行代扣（在签订合同时要求银行代扣）。
税率：软件服务合同的印花税按合同金额的万分之三计算，然后去税所购买印花税票，贴到合同的空白处并划销。
缴纳时间：税务局对印花税的交纳有时间要求，一般需要在合同签订之日起30日内缴纳印花税。
增值税
征收范围：增值税的征收范围涵盖软件开发、信息系统集成、数据处理和存储等服务。软件企业需要根据实际业务情况，正确申报和缴纳增值税。
税率：软件服务提供方的增值税税率一般为6%，但如果软件著作权归委托方所有，则可能按3%的税率缴纳增值税。
发票管理：在缴纳增值税时，企业需要妥善保存相关税务文件，如发票和支付凭证，以备税务部门查询和核验。
个人所得税
纳税对象：软件开发与服务企业的员工在获得工资、奖金等收入时，需要缴纳个人所得税。
税率：个人所得税的计算方式较为复杂，涉及税率和扣除项，具体税率和计算方法需参照相关税法规定。
建议
合同签订：在签订软件服务合同时，应明确约定印花税和增值税的缴纳方式和时间，以确保合规操作。
税务申报：企业应定期进行税务申报，确保按时足额缴纳税款，避免因税务问题产生不必要的法律风险。
文件保存：妥善保存所有与税务相关的文件，如合同、发票、支付凭证等，以备税务部门的查验。
通过以上步骤和建议，可以有效确保软件服务合同的税务合规，降低企业的税务风险。