设备企业开具软件发票的方式主要有以下几种：
设备与软件合并开具发票
将设备和软件在同一张发票上呈现整体交易内容，但在发票备注栏明确标注软件部分的销售金额。
设备与软件分行开具发票
在发票的“货物栏”中分别列出嵌入式产品中的软件部分和硬件部分的销售额，或在“货物栏”填写整体产品名称，同时在“备注栏”注明软件的具体名称及其销售额。
具体步骤和注意事项：
确保发票内容完整
发票必须包含销货单位、购货单位、商品名称、型号、数量、单价、金额及税率等关键信息，并且所有信息必须准确填写，以确保企业在享受退税优惠时不会因为信息不全或错误而被拒绝。
软件产品名称与登记证书一致
发票上的软件产品名称必须与企业在税务机关登记的《软件产品登记证书》上的名称完全一致，包括版本号。若使用缩写或简化名称，则必须在“备注栏”中注明软件产品的全称。
自产软件与其他产品销售时的开票要求
若企业同时销售自产软件和其他产品，需在同一张发票上列明各自的销售额，并确保软件名称和价值清晰标注。
选择合适的发票类型
根据销售软件类型，选择相应的发票类型，如软件销售发票或技术服务发票，并确保所选税收分类编码与软件销售相符。
填写发票内容
在发票上准确填写软件名称、数量、单价等信息，并核对税收分类编码。
盖章生效
在发票上加盖公司财务章，确保发票的合法性。
电子发票的开具
企业需要注册并认证成为增值税一般纳税人，安装并配置电子发票开具软件和硬件设备，填写发票信息后生成并发送电子发票。
建议：
企业应密切关注当地税务规定，确保开票操作完全合规。
对于销售的模块或子系统，也应准确标注相应的软件名称及版本号，并且要与登记证书中记录的名称保持一致。
在实际操作中，企业可以根据客户需求和当地税务要求选择最合适的开票方式，并严格按照相关步骤和注意事项进行操作，以确保发票的合规性和准确性。