申请软件功能专利的流程如下：
准备申请材料
软件著作权申请表
软件设计说明书
软件源代码
软件所属公司的营业执照副本并盖章
其他可能需要的文件，如承诺书等
提交申请
将准备好的申请材料提交给版权局，并支付相关费用
等待版权局的审核和取证
软件测试
准备测试评估委托申请表、用户手册、软件设计说明书、软件包（刻盘）
将测试数据提交给计算机软件评测的关键实验室，并约定测试时间和方法
测试完成后付款，等待测试报告
申请软件产品登记
网上填写申请书，并附上营业执照副本、组织机构代码证、软件测试报告、著作权证书
提交给当地的软件产品登记机构进行审核
审核成功后，打印申请书并再次提交登记机关审核
经批准后等待发证，最后到办事大厅领取证书
专利审批
专利申请文件包括请求书、说明书、权利要求书、说明书附图等
将申请文件面交到国家知识产权局专利局的受理窗口或寄交专利局受理处
专利局受理处或代办处收到申请后，确定申请日，给予申请号，发出受理通知书
符合受理条件的申请，进入专利审批程序，包括初审、公布、实审和授权阶段
建议
提前查询：在申请前进行专利查询，避免与在先申请的专利权利相同或相近，确保所申请的专利是有效的。
委托代理：考虑到专利申请文件的重要性和审批程序的法律严谨性，建议委托专利代理机构代为办理，以确保申请的成功率。
详细准备：确保所有申请材料齐全、准确，并按照要求提交，以避免因材料问题导致申请失败。