软件专利的申请流程主要包括以下几个步骤：
软件著作权申请
准备著作权申请表、软件设计说明书、源代码、申请书（盖章）、营业执照副本（盖章）、承诺书（盖章）等资料。
将这些资料提交给版权局审核并付款，然后等待取证。
对软件进行测试
准备测试评价委托申请表、用户手册、软件设计说明书、软件包（刻盘）等资料。
把资料提交给计算机软件测评重点实验室，并约定测试时间、方式进行测试。测试完成后付款，最后等待测试报告。
软件产品登记
网上填写申请书，并附上营业执照副本、组织机构代码证、软件测试报告、著作权证书。
提交给当地的软件产品登记机构审核。审核成功后，打印申请书（需盖章），再次提交登记机构审查。经批准后等待发证，最后去办事大厅领取证书（需付费）。
软件专利申请
在完成上述步骤后，需要向国家相关机构申请软件专利。
准备好软件申请表（中国版权保护中心官方网站注册一个新用户名，登记并在线打印，并在申请人处加盖公章）、营业执照复印件（加盖公章）、说明文档（较多60页，标明页码）、程序（源代码的打印，较多60页，标明页码）等材料。
提交给版权局并支付相关费用，等待版权局的通知和审核。
审核及发放证书
版权局会对申请专利的软件进行测试和评价，审核通过后，向持有人发放知识产权证书。
建议在申请软件专利之前，先了解并准备好所有必要的材料和文件，以确保申请过程顺利进行。