软件企业在进行税务稽查时，应当遵循以下步骤和策略：
选案
人工选案：通过检查人员对案件进行初步筛选和分析，确定需要深入检查的对象。
计算机选案：利用税务稽查软件，根据预设的指标和分析模型，自动筛选出可能的违法嫌疑对象。
举报：通过公民举报、上级交办、有关部门转办等方式获取案件线索。
其他：包括交叉协查、情报交换等方式确定检查对象。
实施检查
前期准备：检查部门在接到涉税案件时，应进行充分的预案工作，包括收集相关信息、了解被查对象的基本情况、制作被查对象相关地址的交通路线图等。
顺查法：按照会计业务处理顺序，依次进行检查，对比分析原始凭证、记账凭证和汇总记账凭证，查找其中的差异和问题。
账证核对：将会计凭证与明细账、日记账或总账进行核对，确保账目一致。
实地检查：对被查对象的财务、业务场所进行实地检查，了解其生产经营情况。
调取资料：向被查对象调取账簿、记账凭证、报表和其他有关资料，并出具相应的通知书和清单。
询问和查询：对被查对象的相关人员进行询问，查询存款账户或储蓄存款，必要时进行异地协查。
审理
审理环节：税务稽查局的审理部门对稽查终结的涉税案件进行依法审核和作出处理决定。
执行
根据审理结果，对被查对象进行税务处理，包括罚款、补缴税款、滞纳金等，并依法执行。
后续管理
对税务稽查中发现的问题进行总结，提出改进建议，帮助企业优化税务管理，防止类似问题再次发生。
建议：
软件企业在面对税务稽查时，应积极配合检查人员的工作，提供真实、完整的资料，并主动进行自查和整改，以降低税务风险。同时，企业可以借助专业的税务风险防控工具，如用友税务稽查软件，提高税务管理的合规性和效率。