在软件中画瞳孔并上色的步骤如下：
读取线画
将保存的线画图片导入到作画软件中，如Kakooyo!、Photoshop、CLIP STUDIO PAINT或SAI等。
创建上色用的图层
在线画图层的下方新建一个图层，用于上色，以避免颜色与线画混合。
打底色
使用笔刷工具将瞳孔全部涂满，底色不需要考虑颜色的浓淡，注意不要与线画的中间产生空隙，溢出的地方可以通过橡皮擦工具擦除。
在瞳孔中添加浓淡
在底色图层上新建一个图层，使用铅笔与笔刷进行分类后使用。
① 使用比底色更浓的颜色，勾勒出瞳孔轮廓的内色。
② 对瞳孔的上面进行上色，然后再使用笔刷模糊中间。
③ 在瞳孔的中央，使用铅笔工具画出虹彩。
④ 使用更加浓厚的颜色进行上色，让瞳孔显得更加深邃。
为瞳孔增加眼神
在底色的右下部分，使用比底色稍微明亮的颜色，增加浓淡差异，使瞳孔看起来更有层次。
追加高光·收尾
在瞳孔的高光部分添加高光，以增加角色的生气和表情。
调整瞳孔的光泽度
可以通过调整瞳孔的光泽度，让眼神更有层次和立体感。
最终优化
给整个眼睛区域添加一点高斯模糊，数值在0.5左右，以增加自然感。
用减淡工具轻轻扫一下眼睛四周，提亮眼周。
可以适当调整眼白的亮度，让整体看起来更通透。
这些步骤可以帮助你在软件中绘制出自然且生动的瞳孔效果。根据不同的软件，部分步骤可能会有所不同，建议查阅相应软件的使用说明以获得更详细的指导。