发现软件被侵权可以通过以下步骤进行：
收集证据
收集侵权软件的购买记录、使用记录、网站链接、广告宣传等相关证据。
通过查看软件的使用协议、版权声明等来判断是否使用了未经授权的素材。
技术取证
使用专业软件分析工具进行软件指纹分析，比对软件的特定特征码或指纹与正版软件的特征码。
检查系统日志文件，分析软件的安装、运行和使用记录。
在Windows操作系统中，检查注册表项，发现未经授权的软件安装和配置信息。
在某些情况下，通过分析计算机的内存镜像来检测正在运行的软件。
监控网络流量，分析数据包中的软件通信特征，确定是否存在未经授权的软件在进行网络通信。
使用第三方软件审计工具，这些工具通常具备自动化的检测和报告功能。
行政查封
向有关行政部门报告侵权行为，请求其介入调查并采取查封措施。
实质性相似性分析
判断两个软件是否存在实质性相似性，包括对软件的代码、界面设计、功能模块等进行详细比较。
确认被告是否有机会接触到原告的软件。
排除被告的合理解释，例如证明其软件是通过合法途径获得的。
权利归属确认
确定原告软件是否享有著作权，包括代码、结构、界面设计等是否具有独创性。
司法实践中的具体方法
使用抽象-过滤-比较分析法，将软件抽象分解为不同层次，过滤出不受保护的成分，然后在较高层次上进行比较。
采用接触加实质性相似原则，首先证明被告接触过原告软件，然后判断两者是否存在实质性相似。
使用三步判断法，包括明确权利归属、对比侵权软件与被控侵权软件、排除合法使用。
版权查询
向“中国版权保护中心”提出查询要求，获取已登记并取得证书的软件情况。
法院认定
如果经过法院的认定确实存在软件侵权，需要给被侵权方进行赔偿。
通过上述步骤，可以有效地发现并确认软件侵权行为。在发现侵权行为后，建议及时咨询律师，并采取相应的法律措施来保护自己的权益。