针对软件公司的惩罚措施，可以根据具体违法行为的性质和严重程度采取不同的处罚方式。以下是一些常见的处罚措施：
行政处罚
罚款：根据违法行为的性质和严重程度，可以对公司及其负责人处以罚款。例如，南昌市网信办依据《中华人民共和国网络安全法》对某企业作出罚款1万元，对直接负责的主管人员作出罚款5千元的行政处罚。
吊销营业执照：对于销售盗版软件等严重违法行为，工商局可以吊销营业执照。
刑事责任
销售侵权复制品罪：以营利为目的，销售明知是侵权复制品，违法所得数额巨大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
数据安全和隐私保护
责令整改：对于未履行数据安全保护义务的公司，可以责令其进行全面深入自查，积极配合监管，认真完成整改，切实履行好网络安全保护义务。
约谈相关负责人：依法约谈涉事政府部门相关负责人，通报委托处理电子政务数据活动中存在的安全问题，责令进一步加强数据安全管理和保护，严防数据泄露。
劳动监察
投诉和仲裁：如果公司存在拖欠工资等劳动纠纷，劳动者可以向劳动和社会保障行政部门投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求解除劳动关系并支付工资和经济补偿金。
建议
加强合规管理：软件公司应严格遵守相关法律法规，加强内部合规管理，确保在数据安全和隐私保护方面不出现违法行为。
及时整改：一旦发现违法行为，公司应迅速采取措施进行整改，积极配合相关部门的调查和处理。
法律咨询：在面临处罚时，公司应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，制定合理的应对策略。
通过以上措施，可以有效惩罚软件公司，维护市场秩序和公众利益。